Fener Rum Ortaokulu ve Lisesi, 1454 yılında İstanbul’un Fener semtinde kurulmuş, tarihin en eski ve en görkemli okullarındandır. Okul, tarih içinde «Patrikhane Akademisi», «Kırmızı Okul» veya «Birinci Akademi», «Mekteb-i Kebir» isimleriyle de anılmıştır. 500 seneyi aşkın süre eğitim veren okul, İstanbul’un fethinden önce farklı isimlerle faaliyetini sürdürmüş, bugünkü adını, bulunduğu Fener semtinden esinlenerek almıştır.

İstanbul’un fethinden sonra Bizans’ın yönetici sınıfı ve tüccarları kenti terk ederek Ege adaları, İtalya ve Fransa’ya sığınmıştı. Fatih Sultan Mehmet, 1454’te tüm İstanbullu Ortodoksları kente geri çağırınca; Ortodoksların kendi dillerinde eğitim yapabileceklerini, Patrikhanelerini yeniden ihya edebileceklerini ve ibadetlerini eskiden olduğu gibi serbestçe yerine getirebileceklerini bildirdi. Bunun üzerine İstanbul’dan ayrılmış olan Rumlar gruplar halinde kente geri döndü.

Fatih Sultan Mehmet’in fermanı ile Patrik Gennadios tarafından 1454’te Fener sınırları içinde Osmanlı tarafından geniş olanaklar sağlanan bir okul kuruldu.

Osmanlı İmparatorluğu’nun yüksek mevkilerinde görev almış bulunan pek çok Fenerli Rum, Baş Tercüman, Eflak ve Boğdan Beyleri, Patrik ve Yüksek Din Görevlileri, bu okuldan yetişti. Osmanlı Dönemi’nde okulun müdürleri din görevlileri arasından seçilirdi.

Okutulan dersler teolojik ağırlıklı, antik ve çağdaş felsefe, klasik filoloji ve edebiyattı. Okulun hocaları arasında da çok ünlü yazar ve araştırmacılar bulunuyordu. Bunlardan, baba ve oğul Zigomalaslar (1556-1580), Teofilos Koridaleus (1621-1639), Aleksandros Mavrokordatos (1663-1671), Evgenios Vulgaris (1760-1761) ve Konstantin Kumas, dünyaca ünlü isimlerdir. Okul 1861’den sonra ise klasik eğitim veren bir liseye dönüştü.

Günümüze kadar ulaşan görkemli bina 1880-1882 yılları arasında mimar Dimadis tarafından inşa edilmiştir. On dokuzuncu yüzyılın en önemli mimarlarından biri olan ve Fener Rum Erkek Lisesi mezunları arasında bulunan Mimar Konstantinos Dimadis, eserin yapı malzemelerinden çoğunu Marsilya’dan getirtmiştir. Avrupa’nın çeşitli ülkelerinde özellikle İtalya ve İspanya’da da şatolar yapan Dimadis, eseri iki sene gibi kısa sayılabilecek bir sürede bitirmiştir.

İstanbul’un beşinci tepesindeki Fener sırtlarında inşa edilen okulun bugünkü binası; geniş ve yüksek cephesi, kırmızı ateş tuğlaları ve ortasındaki kubbeli gösterişli kulesiyle Haliç’in en görkemli yapılardan biridir. Büyüklüğünden ve ihtişamından dolayı sıkça Fener Rum Patrikhanesi zannedilir.

1903’te okulun bünyesine, ilkokul öğretmeni yetiştirmeye yönelik, Klasik Filoloji ve Pedagoji Eğitimi veren bölüm eklendi.

Cumhuriyet’in ilanından sonra Fener Rum Erkek Lisesi adını alan okul, 1989 yılında hemen bitişiğindeki Yuvakimion Kız Lisesi’nden öğrencileri kabulünden günümüze kadar karma eğitim ile faaliyetine «Özel Fener Rum Ortaokulu ve Lisesi» olarak devam etmektedir.